I've been messing with the weapons.tbl a bit and I can't seem to figure out where to change the muzzle flash of weapons that are not flak guns. 
Example
$Name:                                  Terran Huge Turret
$Model File:                    none
@Laser Bitmap:                  laserglow03
@Laser Glow:								   2_laserglow03
@Laser Color:								   20, 150, 20
@Laser Color2:								   20, 150, 20
@Laser Length:       20.0
@Laser Head Radius:  6.40
@Laser Tail Radius:  2.60
$Mass:                                  0.4
$Velocity:                              175.0                           ;; speed of the weapon (initially) -- may or may not change
$Fire Wait:                             3.0                     ;; in seconds
$Damage:                                        100
$Armor Factor:                  1.25
$Shield Factor:                 0.5
$Subsystem Factor:              0.75
$Lifetime:                              12.0
$Energy Consumed:               0.30                            ;; Energy used when fired
$Cargo Size:                    0.0                             ;; Amount of space taken up in weapon cargo
$Homing:                                        NO
$LaunchSnd:                             111                                     ;; The sound it makes when fired
$ImpactSnd:                             85                                      ;; The sound it makes when it hits something
$Flags:                                 ("Big Ship")
$Icon:                                  icongun03
$Anim:                                  LoadGun02
$Impact Explosion:      noneGets a white muzzle flash whereas a Prometheus gets a green one
How come and where does one change that?
Speaking of the Prometheus, for some reason it seems to be immune to color change...